2010年8月11日 星期三

人工蛋白質摺疊 ! fold it

蛋白質的立體結構決定了一個蛋白質的功能, 但是要得到蛋白質的結構並不容易, 除了結晶繞射,TEM投影, 還有短分子可以用NMR重建以外, 就是利用電腦計算了. 之前有一個計畫是利用PS3跟顯示卡多餘的計算能力來幫忙算蛋白質結構. 現在科學家把腦筋動到人腦上了. 蛋白質摺疊的問題是一個能量最小化的問題, 就算所有的序列都已經知道了, 可是因為氨基酸間的鍵結是單鍵, 可以旋轉. 序列有多長, 就有多少可以轉的自由度, 所以有數不盡的可能結構. 雖然人們發明了很多好的猜測跟簡化的方式, 不過目前還是沒法光用算的就知道蛋白質的結構. 這影片是介紹一個科學團隊的計畫, 把蛋白質摺疊的問題變成一種遊戲, 誰折的越好, 找到能量越低的狀態分數就越高. 利用做成遊戲的方式來吸引人用人的智慧幫忙摺疊蛋白質. 人因為有某種判斷能力, 在最佳化的問題上, 常常會找到某種訣竅來避免每種可能性都試試看看的暴力方式. 電腦就常常剛好相反. 利用電腦的協助, 像是標明高能區域, 視覺化還有對結構給分, 在不少的結構上其實人對蛋白質的摺疊比電腦計算的效果來的好. 這些玩家的共同研究也被刊載在nature上(接近六萬個作者! 大家一起上nature :P). 其實這種利用遊戲來引導人類的智慧使用在網路上有被使用, 像是利用解釋圖片來給圖片下標籤的遊戲, 還是問與答來累積資料庫. 或許在以後會有更多這種把人類腦袋用遊戲整合起來的計畫喔.

計畫網站 http://fold.it/portal/


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